مجموعه مارکار یکی از تأثیرگذارترین اماکن در تاریخ معاصر یزد بوده و نقش بسزایی در آموزش‌وپرورش یزدی‌ها داشته است. این مجموعه تاریخی در نزدیکی میدان مارکار قرار دارد و از دهه ۱۳۹۰ خورشیدی میزبان موزه مارکار شده است. 

موزه مارکار که با نام موزه تاریخ و فرهنگ زرتشتیان نیز شناخته می‌شود، مکانی اید‌ئال برای آشنایی با پیشینه و آیین‌های زرتشتی است. این موزه در زیرزمین مجموعه مارکار با آثاری ارزشمند به پوشش‌های دینی و سنتی، جشن‌ها و مراسم‌ها، سبک زندگی زرتشتیان قدیم و همچنین زندگی پشوتن جی دوسابایی مارکار می‌پردازدموزه مارکار به‌گونه‌ای طراحی شده است که بیشترین بهره را از نور خورشید ببرد و موجب می‌شود تا انرژی زیادی در آن بماند. مجموعه ماکار برای تامین آب مورد نیاز خود از آب‌انبار، گاو رو، پاکنه و راه قنات استفاده ‌می‌کرد که تمامی آن‌ها قابل بازدید است. همچنین حمام و سرویس‌های بهداشتی قدیمی در محوطه موزه تاریخ و فرهنگ زرتشتیان، بازدیدکنندگان را با سبک زندگی مردمان در ۸۰ سال پیش آشنا می‌کند.